主要的永久性工程包括： （a）新启德站及相关A，B及D入口、通道、通风设施及建筑及楼宇装修工程； （b）宋皇台站紧急出口（SUA）及相关通道和入口； （c）路轨工程竖井通道； （d）以明挖回填方式建造的北行及南行隧道，来往启德站与合约编号1109列明的介面边界； （e）以暗挖方式建造前九龙城码头缓冲区内北行及南行的露天隧道； （f）以明挖回填方式建造的北行及南行隧道，来往启德站与合约编号1107列明的介面边界； （g）供应及安装支架，包含固定在建筑物内的组件，其中包括由他人提供或设计的装置及机电工程的杂项装置，如照明、指示牌、交通控制设施及环境美化工程； （h）砍树、树木补偿工程及环境美化工程； （i）屋宇装备工程的铸件； （j）指定及关联合约相关介面规定； （k）根据指定及关联合约，建造车站、入口、隧道、竖井及供安装设备及服务用通道的民用设施； （l）建造公用设施装置，连接现有港铁网路及启德站
